据中国史书记载，古时候日本只有“浊酒”，没有清酒。后来有人在浊酒中加入石炭，使其沉淀，取其清沏的酒液饮用，于是便有了“清酒”之名。公元7世纪中叶之后，朝鲜古国百济与中国常有来往，并成为中国文化传入日本的桥梁。因此，中国用“曲种”酿酒的技术就由百济人传播到日本，使日本的酿酒业得到了很大的进步和发展。到了公元14世纪，日本的酿酒技术已日臻成熟，人们用传统的清酒酿造法生产出质量上乘的产品，尤其在奈良地区所产的清酒最负盛名。

自19世纪后半叶的日本明治维新运动之后，日本清酒的质量逐渐下降，尤其是在第二次世界大战期间，日本酒商往清酒中兑入大量的食用酒精，以增加酿酒量，牟取暴利，使清酒所具有的独特风味黯然失色。因此，日本老人称这种低劣的清酒为“乱世之酒”，赞誉原来纯正的日本清酒为“太平之酒”。由于清酒酿造业受到历史上“乱世”的影响，给日本消费者留下了不良的印象，加上新一代日本人崇尚饮用啤酒和烈性酒，所以清酒的销售量逐年下降。今天，日本清酒的质量虽然已恢复其原来的水平，并且利用现代酿造技术和设备不断提高产品质量，但其产品仅占日本酒类市场销售量的15%。

日本全国有大小清酒酿造厂2000余家，其中最大的5家酒厂及其著名产品是：大包厂的月桂冠、小西厂的白雪、白鹤厂的白鹤、西宫厂的日本盛和大关厂的大关酒。日本著名的清酒厂多集中在关东的神户和京都附近。