佐世保汉堡并不是指某种特别指定类型的汉堡，而是长崎县佐世保市的名物手制汉堡的总称，是佐世保市内的店铺根据顾客需求手工制作的汉堡，现做现卖，没有存货，所以绝对新鲜，在新鲜度方面非常讲究。

1889年，大日本帝国海军佐世保镇守府、1903年海军工厂在佐世保设立，但是1945年佐世保市却在大空袭中化为焦土。

佐世保进入占领期，美国海军进驻旧日本海军设施。不久，以美国军属为服务对象的饮食店、酒吧、夜总会等在佐世保内粉墨登场。1950年，美国海军相关人员提供了汉堡的制作方法和食谱，由此，佐世保汉堡的历史正式开始。

如今，在佐世保市内已有包括认定店25家在内的许多店铺，吸引着全国各地的观光客前来一品美味。